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我们对几乎所有茶属（Camellia）的分支的116种茶花植物进行了转录组测序。 我们构建了一个含有89,394个基因家族的茶花植物泛转录组，然后基于405个高质量的低拷贝核心基因解决了茶属的系统发育关系。 大多数推断的关系通过多个核基因树和形态特征得到了很好的支持。 我们提供了强有力的证据表明，茶花植物共享了一个近期的全基因组复制事件，随后是与抗压力和次生代谢相关的转录因子家族的大规模扩张。 特别是与茶叶品质相关的次生代谢产物，如儿茶素和咖啡因，在来自茶节（Thea）的茶花植物中被优先大量积累。 我们彻底检查了与茶叶品质相关的数百个基因的表达模式，并发现其中一些在Thea种中表现出显著高的表达量和与次生代谢物积累的相关性。 我们还发布了一个可通过网络访问的 数据库，以便高效检索茶花转录组。 通过分析，最终利用610个直系同源的低拷贝核基因（858606 bp）构建了山茶科的系统发育框架，同时对科内类群分化时间、网状进化及全基因组加倍事件（WGD）进行了探讨。 山茶属，是山茶科 (Theaceae)一属，常绿灌木或乔木，约280种，产于东亚。 以花朵美丽的观赏种类及产茶叶的茶树 (C. sinensis, 有时称Thea sinensis)著称。

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为此，本研究通过广泛收集了116种山茶属植物材料，构建了包含89,394个基因家族的山茶属植物泛转录组，并基于从中筛选获得的405个高质量低拷贝直系同源核心基因深入解析了山茶属植物的系统发育关系。 山茶（学名：Camellia japonica L.），别名洋茶、茶花、晚山茶等，为山茶科山茶属的一种灌木或小乔木植物。 近期，专题组与云南大学、广西林业科学研究院、美国密西西比州立大学等多名学者合作，基于属下次级分类单位最多的张宏达系统取样，共获得山茶属植物55种60个个体的转录组测序数据。

该研究组装了具有较高序列连续性和准确性的，几乎涵盖了整个山茶属所有组植物的转录组，构建了山茶属植物的泛转录组，并从转录组学的角度对山茶属植物的系统发育、基因组进化和次生代谢产物多样性进行了研究。

我们构建了包含89 394个基因家族的茶花植物泛转录组，然后基于405个优质低拷贝核心基因解析了茶花属的系统发育。 大多数推断的关系都得到了多个核基因树和形态特征的良好支持。 因此，本研究对山茶属中的茶组植物，茶花和油茶的果实和花性状进行了观测和统计分析，丰富了其表型数据，并基于转录组数据对影响花发育相关的MADS-box，MYB以及抗性相关的WRKY基因家族进行了比较进化分析，找到了可能与花性状发育相关的候选基因。 山茶属（Camellia）是山茶科重要植物属，涵盖200余种茶树与观赏花卉。 解析茶花、茶梅等品种特性，分布中国南方至东南亚地区，涵盖茶叶生产、园林景观及多地市花文化价值，附植物分类与栽培要点。